Tocmai de aceea Sfânta noastră Biserică, împlinind porunca Domnului, continuă această lucrare mântuitoare sub forma tainică a pocăinței (mărturisirii), astfel încât prin ea fiecare om să poată răspunde îndatoririlor lui creștinești, pocăindu-se pentru toate cele pe care le-a făcut fie cu intenție, fie din neputință. Taina pocăinței (mărturisirii) seamănă cu un birou de contabilitate universal, la care omenirea vine și se împacă cu Dumnezeu, mărturisindu-și datoria și primind în dar achitarea ei. Când adică omul ajunge la simțirea vinovăției lui, vine la acest slujitor al Bisericii rânduit pentru aceasta unde mărturisește cu smerenie păcatele lui, ca să primească iertare. Aici se află exact aplicarea versetului din Psalmi: Zis-am: mărturisi-voi fărădelegea mea Domnului și Tu ai iertat nelegiuirea inimii mele[1] și Spune tu mai întâi păcatele tale ca să fii îndreptățit[2].

În perioada apostolică, taina pocăinței și mărturisirii se săvârșea public în adunarea credincioșilor, înaintea Episcopului: Și mulți dintre cei ce crezuseră veneau ca să se mărturisească și să spună faptele lor[3]. Mai târziu sistemul acesta s-a desființat și episcopii au prohirisit preoți pentru pocăință la care cei ce se pocăiau se mărturiseau separat, lucru care a rămas valabil până astăzi. Cel ce se pocăiește vine la preotul rânduit pentru acest scop, numit duhovnic, și cu smerenie mărturisește faptele lui, întărind astfel și practic pocăința lui. Dacă duhovnicul consideră că nu există piedică pentru imediata dezlegare, urmează întregirea tainei care este iertarea păcatelor, dezlegarea celui ce se pocăiește din legăturile păcatului și reîntoarcerea lui la starea harului din care a căzut.

În funcție de caz, este posibil ca acela care se pocăiește să fie supus unor epitimii determinate de duhovnic. Epitimiile au scop pedagogic, sunt mijloace de îndreptare a celui care se pocăiește și nu mijloace de iertare a păcatelor. Iertarea și curățirea de păcate, numai sângele vărsat pe Cruce al lui Hristos are puterea de a le aduce. Sângele lui Iisus Hristos, Fiul lui Dumnezeu, ne curățește pe noi de orice păcat[4]. În Biserica primară erau statornicite patru stadii ale epitimiei, în funcție de păcat și de nivelul de pocăință al celui ce se mărturisea.

1) Stadiul celor ce plâng, unde cei care se pocăiau rămâneau afară din Biserică la dumnezeiasca Liturghie.

2) Stadiul celor ce ascultă, care rămâneau în narthex, împreună cu catehumenii.

3) Stadiul celor supuși, care rămâneau în biserica principală, îngenunchiați, dar plecau într-un anumit moment al Liturghiei, după ecfonisul diaconului.

4) În final, stadiul celor ridicați, care rămâneau în Biserică în picioare împreună cu ceilalți credincioși. Timpul de valabilitate al epitimiei dura în funcție de fierbințeala pocăinței, după judecata Episcopului.

Împreună cu mărturisirea, cu epitimiile și iertarea păcatelor, Sfânta noastră Biserică a consacrat rugăciuni speciale, împreună cu o cateheză corespunzătoare, când se săvârșea o mică slujbă după fiecare mărturisire. Astăzi acest lucru s-a desființat și se mai păstrează numai rugăciunile potrivite pentru dezlegarea păcatelor: „Iată, Dumnezeu, prin mine păcătosul și nevrednicul preot și duhovnic, îți iartă ție păcatele în veacul de acum și în cel viitor. Este însă necesar ca duhovnicul să-l lumineze pe cel mărturisit cu privire la cât de mare rău este păcatul și ce consecințe pierzătoare are pentru viața credinciosului, fiindcă adeseori se observă fenomenul unei conștiințe laxe și conciliante care gândește așa: nu contează păcatul pe care îl fac, îl voi spune duhovnicului, voi face și un mic canon și sunt în regulă, lucru care provoacă cedarea în fața păcatului, îndreptățirea lui și în final duce la nesimțire și la nepocăință.