Parte integrantă a istoriei ansamblului mitropolitan din capitala Moldovei, Palatul Mitropolitan este continuatorul unei alte clădiri, ridicate de către Mitropolitul Iacob Putneanul, între anii 1750-1760. Casa a servit drept palat și pentru domnitorul Alexandru Mavrocordat. Mistuit de incendiu în anul 1785, palatul a fost refăcut în anul 1792, de către Mitropolitul Iacob Stamate – atunci când a fost amenajat și paraclisul ce poartă hramul „Duminica Tuturor Sfinților”. Cea mai importantă refacere, care i-a dat înfățișarea actuală, a avut loc în timpul Mitropolitului Iosif Naniescu, în anul 1897. Clădirea a fost, mai apoi, extinsă de către Mitropolitul Partenie Clinceni, între anii 1902-1905.