În perfectă simetrie cu clădirea Cancelariei Mitropolitane și păstrând unitatea arhitectonică a întregului ansamblul mitropolitan, clădirea bibliotecii ecumenice „Dumitru Stăniloae” a fost construită între anii 1959-1986, în timpul păstoririi la Iași a Mitropolitului Iustin Moisescu.

După planurile arhitectului român G. M. Cantacuzino, clădirea a fost gândită de la început drept spațiu de bibliotecă și arhivă. Vocația și-a împlinit-o în anul 1999, când Patriarhul Daniel, pe atunci Mitropolit al Moldovei și Bucovinei, a înființat Biblioteca Mitropolitană care a primit numele părintelui Dumitru Stăniloae.