Cea mai mare faptă bună a Mitropolitului Iosif Naniescu, prin care se făcuse tuturor cunoscut şi iubit, era milostenia, marea sa operă de caritate creştină. El avea uşa şi mâna deschise pentru milă. Pe lângă cerşetorii din oraş, el ajuta mai ales pe elevii şi studenţii săraci. În fiecare an îmbrăca zeci de elevi şi studenţi şi-i hrănea la bucătăria Mitropoliei. Alte sute dintre ei primeau bani pentru cărţi şi taxe şcolare. Exemplul său a fost urmat şi de ceilalţi slujitori ai catedralei, precum au fost monahul Ilarion Radu, arhidiaconul Varlaam Arghirescu, arhimandritul Ioanichie Grădinaru şi alţii.

Zicea unul dintre ucenicii săi: 

‒ Mila faţă de săraci a Mitropolitului Iosif Naniescu a ajuns proverbială în Moldova şi în toată ţara. Zilnic veneau zeci de nevoiaşi pentru a primi milă din mâinile lui. La început, singur se cobora din chilie jos pe trepte, în mijlocul celor o sută de săraci. Îi mângâia cu vorba, îi binecuvânta şi le împărţea bani. Niciodată nu dădea săracului mai puţin de o pâine. „Bani pentru o pâine!”, acesta era principiul lui. Dacă termina banii mărunţi, scotea de prin buzunare bani mari şi pe toţi îi alina. Apoi urca sus în chilia lui de rugăciune şi de citire. Când era bătrân şi slab, nu mai cobora, ci arunca săracilor mila sa din balconul casei.

Spunea iarăşi acelaşi ucenic: 

 ‒ Aceasta era milostenia lui în zilele de lucru. Duminica, Mitropolitul împărţea astfel mila: dădea punga cu bani anume destinaţi părintelui Visarion Boboc, iconomul Mitropoliei. După slujbă, iconomul se aşeza în portiţa din spate a Mitropoliei. Pe acolo treceau toţi săracii şi îşi primeau ajutor de la părintele lor duhovnicesc. 

Aşa împărţea zilnic Mitropolitul Iosif leafa sa la săraci.

Spunea ucenicul şi acestea: 

‒ Lunar venea la el pentru milă şi Barbu Lăutaru, vestitul cântăreţ din Iaşi, şi primea milă. La urmă, Mitropolitul Iosif cerea să-i cânte stihira din Postul Mare: „Nu mă pedepsi, Stăpâne...”. Venea şi evreul Rubenşaft, regulat, vinerea, pentru milă. Cu ajutorul Mitropolitului, şi-a învăţat fiul carte, a ajuns doctor şi s-a creştinat. Un alt evreu din Iaşi venea din trei în trei ani, numai la el, pentru ajutor. „Cu ajutorul Mitropolitului Iosif – zise el la urmă –, mi-am putut mărita cele trei fete”. Prin aceasta, păstorul cel bun imita pe Sfântul Ierarh Nicolae.

(Arhimandrit Ioanichie Bălan, Patericul românesc, Editura Mănăstirea Sihăstria, pp. 479-480)