Pruncul Ioan, cum se numea din botez viitorul mitropolit, s-a născut la 15 iulie 1818 în Răzălăi, județul Soroca, și a fost educat într-un mediu profund religios. Tatăl său, Anania Mihalache, era preot, iar mama, Teodosia, era fiica preotului Vasile Fornea din satul Răzălăi, ocolul Răutului. În familie, mai mulți membri au avut vocație monahală. Un frate al mamei, Iosif, era ierodiacon, și tot ierodiacon era și călugărul Teofilact din mănăstirea basarabeană Frumoasa, rudă căreia îi va fi încredințat spre grijă tânărul Ioan, după împlinirea vârstei de 10 ani. Mama sa a intrat în monahism, luând numele de Fevronia.

Educația creștină primită în casa părintească a fost completată cu deprinderile pe care și le-a format în preajma călugărului Teofilact. Cei patru ani petrecuți la Mănăstirea „Sfântul Spiridon” din Iași, între 1831-1834, l-au adus în contact cu personalități și evenimente care-și vor pune amprenta asupra vieții sale. După o scurtă trecere pe la Mănăstirea „Sfântul Proroc Samuel” din Focșani, își va completa noviciatul la Episcopia din Buzău, sub îndrumarea episcopului Chesarie, „unul dintre cei mai mari ierarhi din trecutul Bisericii noastre”, care-l va călugări, hirotoni și sprijini pentru a urma studii temeinice. A fost în prima generație care a terminat cursurile seminariale la Buzău, între 1836-1840. După absolvirea Seminarului din Buzău, ierodiaconul Iosif a urmat, între anii 1840-1847, cursurile Colegiului „Sfântul Sava” din București. Și-a completat aici cultura generală, a studiat științele exacte, limbi străine și cele clasice, dobândind o pregătire intelectuală temeinică.

În mai 1849, a fost numit egumen al Mănăstirii Șerbăneștii Morunglavului, județul Vâlcea. Cu binecuvântarea mitropolitului Nifon al Ungravlahiei, a fost hirotonit preot la 29 august 1850 în biserica „Sfântul Ioan” din București, care-și sărbătorea hramul, de către Arhiereul Timotei Troados, egumenul Bisericii Crețulescu. Peste doi ani, la 30 noiembrie 1852, Sfântul Calinic, episcopul Râmnicului, l-a ridicat la rangul de protosinghel. În octombrie 1857, protosinghelul Iosif Naniescu a primit o nouă ascultare, aceea de egumen al Mănăstirii Găiseni din județul Dâmbovița. Apreciat de mitropolitul Nifon pentru calitățile și activitatea sa, în 1860 a fost hirotesit arhimandrit.

Arhimandritul Iosif Naniescu a desfășurat o activitate didactică în București timp de nouă ani, ca profesor de Religie la Gimnaziul „Gh. Lazăr” (1864-1866), Liceul „Matei Basarab” (1866-1873) și la Școala normală „Carol I” (1867-1873). Timp de un an, între 1870-1871, a fost director al Seminarului „Central” din București. „În timpul profesoratului, arhimandritul Iosif Naniescu și-a atras iarăși simpatiile tuturor. Admirau în el pe profesorul cu vaste cunoștinți între profesorii acelor vremuri, și pe omul cu experiență strălucită izvorâtă din o înțelepciune naturală. Iar toate acestea, înveșmântate în curățenia și evlavia sufletului său, dădeau un prestigiu nespus de mărit. Profesorii se mândriau cu colegul lor, elevii cu profesorul de religie, iar familiile copiilor cu sprijinul părintesc pe care-l aveau în el” (Vasile Vasilache).

La 23 aprilie 1872, mitropolitul Nifon, cel care îi oferise până atunci toate rangurile bisericești, l-a hirotonit pe arhimandritul Iosif Naniescu arhiereu cu titlul de Mireon. Mai puțin de un an a trecut până a fost chemat pe o nouă treaptă a slujirii. La 18 ianuarie 1873 a fost ales episcop de Argeș, acolo unde păstorise primul ierarh al eparhiei al cărui nume îl purta de la călugărie. La 10 iunie 1875 a fost ales mitropolit al Moldovei, fiind instalat la 6 iulie.

Venit la Iași, a fost preocupat în primul rând de zidirea sufletească a credincioșilor, restaurarea diferitelor biserici ale eparhiei – între care un loc central l-au ocupat catedrala mitropolitană și bisericile Sfântul Nicolae Domnesc și Trei Ierarhi, expresia văzută a zidirii Bisericii lăuntrice.

Mitropolitul Iosif nu a fost doar un propovăduitor și mărturisitor al dreptei credințe, ci și un apărător al acesteia. A luat atitudine în eparhie contra unor manifestări potrivnice moralei creștine. Prin tot ce a cuvântat, a scris și a trăit, mitropolitul Iosif Naniescu a propovăduit „doctrina sfintei noastre Biserici şi credinţa pe care am moştenit-o noi de la părinţii şi strămoşii noştri, prin învăţătura Sfintelor scripturi şi a sfinţilor Părinţi ai Bisericii, până în ziua de astăzi”.

Mitropolitul Iosif citea permanent din Scriptură. Întâlnim citate scripturistice în toate scrierile sale, pe care își fundamenta mesajul pe care-l transmitea. Mărturisea în testament: „Gândindu-mă pururi la eternele cuvinte ale Sfintei Scripturi că tainic şi neştiut de nimeni este ceasul când Domnul cheamă la Sine pe aleşii Săi, şi cugetând neîncetat la cuvintele Marelui Apostol al neamurilor, Pavel, că noi, credincioşii, nu trebuie să fim ca cei ce nu au credinţă în învierea şi nemurirea sufletului; ci în toată viaţa noastră să avem credinţă tare şi neclintită în Domnul şi Mântuitorul nostru Iisus Hristos, carele suferind moartea pentru noi, iar moarte de cruce, s-a făcut pe Sine începutul învierii noastre, gândindu-mă, zic, la acestea şi aflându-mă astăzi în anul al optzeci şi unul al vieţii mele, am crezut că este bine să fac cunoscut iubiţilor mei ultima mea voinţă şi să orânduiesc eu însumi, cum trebuie a se urma, după săvârşirea mea din viaţa aceasta pământească, cu tot ce am putut agonisi şi economisi în zilele vieţii mele, servind în Biserica Dumnezeului nostru celui viu, cu dragoste, cu frică şi cu cutremur, aşa precum am învăţat de la bătrânii şi mai marii mei, care m-au introdus în Casa Domnului şi m-au povăţuit cu cuvântul şi cu fapta să fiu de folos sfintei noastre Biserici şi Scumpei noastre Patrii”.

Profesorul Constantin Erbiceanu, colaborator apropiat al mitropolitului Iosif, a dat și el mărturie că ierarhul citea permanent din Scriptură: „Înaltpreasfințitul Iosif Naniescu avea calități mari, aș putea zice apostolice, pentru că zilnic cugeta numai la îndeplinirea datoriilor sale pastorale, grija casei Domnului. Credința sa era tare în Hristos Domnul, ea îl întărea în luptele vieții, ea-i forma convingerile, ea-l îndemna la săvârșirea faptelor sale mari și virtuoase… Totdeauna l-am găsit cetind în Sfânta Scriptură și-mi spunea: de aici eu învăț toate, tocmai ca și marele ascet Antonie, care n-avea altă carte decât cerul și pământul, contemplându-le”.

Mitropolitul Iosif a cunoscut de mic cum este viața orfanilor și a văduvelor. Primele experiențe în viața monahală l-au pus în contact cu suferința umană. La „Sfântul Spiridon” în Iași și la „Proorocul Samuil” la Focșani și-a adus partea de contribuție pentru alinarea durerilor celor suferinzi. În București și apoi ca stareț a fost în legătură cu lumea celor suferinzi, atât Mănăstirea Șerbăneștii Morunglavului, cât și Mănăstirea Găiseni aflându-se sub administrația Eforiei Spitalelor Civile din București.

Printre virtuțile pe care le-a lucrat în viață, cea care a rămas în primul rând în conștiința contemporanilor și apoi a urmașilor, este milostenia. A ajutat persoane și instituții, creștini și necreștini, clerici și laici, în cele mai diverse moduri și cu diferite ocazii. Se împrumuta uneori de la apropiați, pentru ca nimeni să nu plece nemiluit de la ușa sa.

Cei care s-au bucurat în mod constant de ajutorul său au fost săracii din curtea catedralei mitropolitane din Iași. „Zilnic veneau, doar numai cu ochii plini de lacrimi, cei săraci în toate, pentru  a se îmbrăca, sau pentru a se hrăni, sau însănătoşi prin mila Părintelui Iosif. La început, el însuşi se cobora cu punga plină în mijlocul celor o sută de săraci, mângâindu-i cu vorba, binecuvântându-i cu harul şi ajutorându-i cu banul. El avea ca un principiu, de a nu da oricărui sărac mai puţin de o pâine: bani pentru o pâne. Şi dacă se golea punga de mulţimea săracilor, atunci dădea bani din cei mari pe care îi mai avea prin buzunare, şi aşa se urca uşurat, sufleteşte mai ales, pe treptele palatului său, în camera rugăciunilor sale, păzită de sfinţii îngeri…Iar când puterile trupeşti au mai slăbit, arunca mila sa săracilor din balconul palatului. Duminica, însă, mila mitropolitului Iosif se împărţea altfel. Economul mitropoliei, părintele Visarion Boboc, primind blagoslovenie şi punga plină de la Stăpânul său, după sfânta slujbă, se aşeza el ca un sărac la poarta din dos a Mitropoliei, şi pe acolo trecând cei săraci, ca la o sută-două la număr, îşi primeau leafa de la mitropolitul Iosif. Şi aşa, zilnic, milostivul mitropolit îşi împărţea leafa sa, iar nu bunul unei mitropolii sărăcite prin secularizare. Veneau la el săracii ca la vistiernicul Iosif din Egipt, să ceară hrana de toate zilele…” (Vasile Vasilache).

A fost socotit de contemporani om cu viață sfântă: „Peste toate acestea covârșește iubirea creștină pentru cei săraci și suferinzi, jertfelnicie pentru contemporanii săi l-au socotit un sfânt, titulatură dată de fostul Mitropolit Primat care, auzind de moartea lui Iosif Naniescu, a izbucnit în lacrămi și a zis: - A murit un sfânt!”.

Viața sa sfântă a fost mărturisită chiar din aceste momente încât „Când a murit Mitropolitul Iosif, pe toate buzele fluturau cuvintele: Iosif cel Sfânt, și tot Iașul și Moldova toată l-au petrecut la mormânt în murmurul acestor cuvinte. Biruise viața lui pilduitoare și faptele sale creștinești”.

Aprecierea contemporanilor s-a arătat în cuvântările ținute la înmormântare. Ministrul Spiru Haret mărturisea că „Rare sunt exemplele de oameni cari zecimi de ani de-a rândul, în situațiile cele mai modeste ca și în cele mai înalte ale ei să fie model neclintit de virtute. Mitropolitul Iosif a avut acest privilegiu. Ca preot, ca călugăr, ca profesor, ca arhiereu, el a fost totdeauna același: bun, blând, îngăduitor și făcător de bine”. În cuvântul primarului orașului Iași vedem cum s-au raportat și cum l-au perceput autoritățile timpului pe mitropolitul Iosif: „Suflet bun, inimă simțitoare și înduioșată, nenumărate sunt binefacerile, mângâierile și alintările ce le-au adus cu cuvântul, fie cu fapta tuturor celor căror se adresau lui: Adevărat apostol al lui Christos, împărțea frățește tot avutul lui. Din gura și mâna lui, bătrâni și tineri, femei și copii, creștini de alte rituri precum și mozaici primeau mângâierea sufletului și hrana trupului”.