A făcut milostenie până la ultimul bănuț ce-l avea. După moartea sa, se spune că părinții ce-l îngrijeau au găsit în chilie doar doi lei. Probabil că și pe aceea i-ar fi dat, dar nu a mai avut răgaz. A trebuit să răspundă chemării Mântuitorului Hristos. Fără a greși, zic că l-a jelit o națiune întreagă. Românii credincioși și patrioți au pierdut atunci un model greu de egalat, dar au câștigat un sfânt în ceata drepților.

După sfârșitul pământesc al ierarhului au demarat pregătirile pentru slujba pogribaniei, statornicită pe 28 ianuarie, zi de luni. Din ordinul Regelui României, Carol I, înmormântarea mitropolitului Iosif s-a făcut pe cheltuiala Statului, primarul oraşului Iaşi, juristul Constantin B. Pennescu, mare iubitor de cultură și bun prieten cu vlădicul decedat, fiind delegat să întocmească programul funeraliilor. Neîntârziat s-a început pregătirea mormântului în curtea Mitropoliei, în partea de miazăzi a catedralei, loc indicat de însuşi mitropolitul Iosif cu doi ani în urmă când și-a întocmit testamentul.

Chiar din ziua decesului cancelaria Sfintei Mitropolii a trimis înștiințări marilor mănăstiri din cuprinsul întregii mitropolii, precum și protoieriilor din jurisdicția Arhiepiscopiei Iașilor prin care se dispunea ca în toate bisericile să se sune clopotele până în ziua înhumării ierarhului, precum și oficierea slujbelor rânduite pentru sufletul chiriarhului repausat. De la București, Mitropolitul Primat Iosif Gheorghian a dispus săvârșirea celor necesare pregătirii trupului venerabilului mitropolit pentru înmormântare. După ce a fost înveșmântat în toate odăjdiile arhierești și așezat într-un jilț, așa cum prevede tradiția, vlădica Iosif a fost depus pe un catafalc, în catedrala de el ctitorită pe care a iubit-o nesfârșit și pentru care a trudit nețărmurit.

Regele a numit prin decret regal locțiitor de mitropolit al Moldovei pe Episcopul Partenie Clinceni al Dunării de Jos, care va fi și ales succesor în secularul tron al marilor ierarhi ai Moldovei. Acesta a ajuns la Iași, duminică dimineață și a asistat la Sfânta Liturghie celebrată de arhiereul Conon Băcăuanul înconjurat de slujitorii catedralei mitropolitane, dar și clerici din administrația eparhială. După săvârșirea liturghiei a urmat îndătinatul trisaghion oficiat de locotenentul de mitropolit al Moldovei alături de ceilalți episcopi prezenți sosiți pentru slujba de înmormântare. După săvârșirea slujbei i s-a îngăduit poporului să vină și să privegheze la căpătâiul celui ce le-a fost un bun arhipăstor. Sute de oameni s-au perindat pe la catafalcul mitropolitului Naniescu. S-a format un pelerinaj al recunoștinței și dragostei față de cel care a știut să facă din milostenie poartă către Cer. Multe flori și noian de lacrimi s-au revărsat lângă trupul care aștepta întoarcerea în pământul din care a fost luat, în timp ce sufletul să se înfățișeze înaintea lui Dumnezeu. Decesul milostivului vlădică de pe scaunul eparhiei moldave a declanșat un val emoționat de elogieri care s-au scris în diferite publicații centrale și locale. Se făceau referiri în știri de primă pagină la viața și lucrarea prolifică a acestuia în ogorul Domnului.

A sosit ziua rânduită. Toate erau pregătite. Dimineață s-a oficiat dumnezeiasca Liturghie. A slujit Episcopul Partenie Clinceni, alături de Gherasim al Romanului și Conon Băcăuanul. Soborul a fost completat de slujitorii catedralei mitropolitane și câțiva clerici din cancelaria eparhială. Fiind iarnă mulți ierarhi nu au putut ajunge, dar au trimis telegrame de condoleanțe. Dintre acești amintim pe Mitropolitului Bucovinei, Arcadie Ciupercovici, care va trece la cele veșnice foarte repede după chiriarhul de la Iași, pe 5 martie. Au mai trimis mesaje Mitropolitul Transilvaniei, Ioan Meţian, Episcopul Gherasim al Argeşului, Episcopul Aradului, Iosif Goldiş, Nifon Ploieştenul, Pimen Piteşteanu, Sofronie Craioveanu și alții.

După terminarea dumnezeieștii Liturghii, ierarhilor prezenți li s-au mai adăugat arhiereii Silvestru Bălănescu al Hușilor, Calistrat Bârlădeanul, Meletie Gălăţeanul şi Calist Botoşăneanul. La ora 11 cei șapte arhierei înconjurați de un sobor de 64 de preoți și 8 diaconi au început slujba pogribaniei. După dorinţa exprimată de răposatul mitropolit, i s-a făcut rânduiala prohodului călugăresc. La slujbă au asistat numeros popor, clerici, călugări, călugărițe, elevi ai Seminarului Teologic din Iași, numeroși studenți, dar și delegatul Casei regale a României, colonelul Alecu Mavrocordat, delegatul Guvernului României, Spiru Haret, Ministrul Cultelor și Instrucțiunii Publice. Mai era prezent delegatul Academiei Române, profesorul Constantin Erbiceanu, dar și alți reprezentați ai autorităților centrale și locale.

„Din gura şi mâna lui, bătrâni şi tineri, femei şi copii, creştini ortodocşi şi creştini de alte rituri precum şi mozaici primeau mângâierea sufletului şi hrana trupului”

După îndătinata slujbă de înmormântare au urmat cuvântările. Prima a fost ținută de către Ministrul Cultelor, Spiru Haret, în numele guvernului, reamintind celor prezenți figura luminoasă a mitropolitului: „Bun, blând, îngăduitor, Mitropolitul Iosif ne-a dat la toţi pildă vie de iubirea de aproapele înţeleasă în sensul cel mai înalt şi mai nobil al cuvântului. Ştia să facă binele cu atâta discreţie, încât niciodată nu s-ar fi ştiut că l-a făcut, dacă nu ar fi venit trista ocazie de astăzi, când vedem în doliu oraşul întreg, casa bogatului ca şi a săracului, a ortodoxului ca şi a eterodoxului. …Prin virtuţile sale, prin înţelepciunea sa, prin stăruinţa ce a pus pentru a desăvârşi cel mai măreţ monument religios al ţării, început de un alt mare Mitropolit, Părintele Iosif Naniescu şi-a înscris una din cele mai glorioase pagini în istoria înalților prelaţi ai ţării. Fie-i ţărâna uşoară!”.

A urmat la cuvânt Constantin B. Pennescu, primarul Iașului, care a reiterat binefacerile moștenite de la Mitropolitul Iosif: „Suflet bun, inimă simţitoare şi înduioşată, nenumărate sunt binefacerile, mângâierile şi alinările ce le-a adus fie cu cuvântul, fie cu fapta, tuturor celor care se adresau lui. Adevărat Apostol al lui Hristos, împărţea frăţeşte tot avutul lui. Din gura şi mâna lui, bătrâni şi tineri, femei şi copii, creştini ortodocşi şi creştini de alte rituri precum şi mozaici primeau mângâierea sufletului şi hrana trupului. El a fost sprijinul săracului şi a oropsiţilor de soartă. Dar astăzi, vai, nu vom mai auzi mângâietorul său glas, suferinţele vor zbuciuma piepturile celor nenorociţi fără a mai găsi acel balsam mângâietor al blândelor sale sfaturi. Sărmanii în zadar vor căuta cu privirea blânda faţă a părintelui mitropolit şi nici mâna lui tremurândă nu le va mai întinde mijloacele de hrană. Văduve, orfani şi voi cei scăpătaţi din belşug, vi s-a dus sprijinul vostru. Plângeţi cu toţii şi depunând pe mormântul lui lacrimi de recunoştinţă, neuitată să ne fie memoria lui”.

A treia cuvântare a fost rostită de Constantin Erbiceanu, în numele Academiei Române. Marele elenist și ilustrul profesor Erbiceanu avea multe și emoționante amintiri cu mitropolitul Iosif. La Iași, în urmă cu ceva timp împreună au fondat publicația Revista Teologică unde au văzut lumina tiparului foarte multe articole și studii scrise de Erbiceanu. Văzându-i iscusința și puterea cuvântului  chiriarhul l-a angajat pe teologul Constantin Erbiceanu predicator la catedrala Sfintei Mitropolii, ascultare împlinită până la plecarea la București, ca profesor universitar și redactor șef al prestigioasei revistei oficiale a Sântului Sinod, Biserica Ortodoxă Română.. Acum, vădit emoționat, academicianul a rostit un înflăcărat cuvânt în care a accentuat calitatea vlădicului Iosif de mare erudit, care a îmbinat dorul după ştiinţă cu milostenia, lăsând întreaga sa bibliotecă, aproximativ 10000 volume, Academiei Române. Pentru aceasta vorbitorul a adus cuvânt de gratitudine și mulțumire în numele forului suprem al culturii româneşti pentru donaţia impresionantă de carte pe care Mitropolitul Iosif a făcut-o acestei instituții.

Ultimul discurs l-a ţinut directorul Seminarului Veniamin din Iași, Pr. Iconom Pavel Savin, din partea clerului, în care, ca şi ante-vorbitorii săi, a evocat personalitatea mitropolitului, punând accent pe latura filantropică, de ajutorarea spirituală şi financiară a păstoriţilor săi. Necrologul ultimului vorbitor se sfârșea cu un îndemn pătrunzător: „şi acum, iubiţi fii spirituali, apropiaţi-vă şi luaţi ultima binecuvântare de la acel ce v-a păstorit un pătrar de veac. Apropiaţi-vă şi voi, iubiţi seminarişti, care vă instruiţi în fructul ostenelilor răposatului mitropolit, depuneţi ultima voastră sărutare pe mâna aceluia care cu drag v-a binecuvântat. Dumnezeu să primească sufletul său în rândurile drepţilor, acolo unde este bucurie şi viaţă fără de sfârşit. Dumnezeu să-i ierte greşelile cele de voie şi fără de voie, veşnică să-i fie pomenirea şi eternă memoria”.

Iosif cel sfânt și milostiv

După rostirea tuturor discursurilor, s-a făcut tradiţionala procesiune în jurul măreței catedrale, cu cele patru opriri şi apoi sicriul a fost coborât în mormânt, în dangătul trist al clopotelor catedralei. În aceeaşi zi s-a împărţit la săraci 500 de pâini, câte o lumânare şi 20 de bani de fiecare.

După slujbă, Episcopul Partenie orânduia ca timp de patruzeci de zile de la mutarea la cele veșnice a mitropolitului Iosif să se facă Sf. Liturghie cu sobor în catedrală, iar după aceea, la mormânt trisaghion. De asemenea, în zilele a noua, a douăzeci şi una, şi a patruzecea, s-a stabilit să se facă panahidă în monumentalul edificiu ctitorit de cel care acum îl veghea cuminte din cripta de  lângă zidul dinspre miazăzi, precum şi la toate bisericile din Iaşi şi la bisericile catedrale ale judeţelor eparhiei. Aceste panahide urmau să se repete şi la trei luni, la şase, la nouă luni, la un an şi la fiecare an până la al şaptelea. Se mai reglementa ca, pentru a se putea învrednici toţi preoţii din cuprinsul eparhiei a face rugăciuni la mormântul iubitului lor mitropolit, să ia parte pe rând la oficierea Sf. Liturghii din cele patruzeci de zile, protoiereii având îndatorirea de a „întocmi tabloul preoţilor liturghisitori în aşa mod, ca să nu sufere sfintele servicii pe la biserici, nici îndatoririle preoţeşti”.  

Așa s-a mutat către cereștile locașuri marele Mitropolit al Moldovei Iosif Naniescu sălășluindu-se în ceata sfinților ierarhi. Evlavia poporului dreptcredincios l-a „canonizat” deja,  numindu-l Iosif cel sfânt și milostiv.