Sala Baptisteriul este organizată în jurul bazinului pentru botezul adulților, care dă și numele sălii. Este un spațiu liturgic, amenajat în scopul folosirii pentru administrarea Tainei Sfântului Botez, pentru adulți, dar și spațiu expozițional, în care se abordează două teme importante: slujitorii bisericii, ce fac parte din laicat, și slujitorii altarului, ce formează sacerdoțiul. Această abordare este necesară pentru că Biserica este comunitatea credincioșilor iar lăcașul bisericii este locul rugăciunii obștești, dar și casă a pliromei, a trupului Bisericii, în care este reprezentat fiecare membru, aceasta făcându-l și responsabil, alături de ceilalți credincioși, pentru casa lui Dumnezeu.

Taina Sfântului Botez este ușă a Tainelor, căci numai primind Botezul se pot primi și celelalte Sfinte Taine. În Botez trebuie să vedem mormântul (păcatului) și pântecele Maicii noastre, Biserica, care ne naște în Hristos. Pe bolta acestei săli este reprezentat Botezul Domnului, prin care și-a împropriat păcatele omenirii, ca să le ispășească apoi pe Cruce. Este ilustrată iconografic și jertfa pe Cruce a Mântuitorului, prin care a ispășit păcatul lui Adam, deschizând calea spre cer omului ce se naște din Botez. Tema botezului, așa cum au abordat-o sfinții Părinți, este aprofundată în pictura murală a Baptisteriului. Astfel, este prezentat și botezul sângelui, mucenicia, prin iconografia sfinților mucenici ai Bisericii universale și naționale. Este prezentat și botezul lacrimilor, pocăința, practicată de atâția cuvioși și mari sfinți ai pustiei.

Pe lângă Taina Sfântului Botez reprezentată în acest spațiu, se ilustrează, în primele 3 nișe perimetrale, tema laicatului slujitor Bisericii: prescurărese, paraclisieri, pictori de icoane, poleitori și scriitori de pomelnice, cioplitori de cruci, turnători de clopote, meșteri de sfinte vase etc.. Acești slujitori ai bisericii se afierosesc slujirii printr-o pecetluire, adică printr-o binecuvântare acordată de preot, care le citește mai întâi rugăciuni speciale.

Tema sacerdoțiului, a clerului inferior și a celui superior, este reprezentată în celelalte nișe, prin intermediul veșmintelor și însemnelor specifice fiecărei trepte și slujiri. 

Un loc aparte a fost rezervat Sinodiconului Sfintei Mitropolii, adică a listei Mitropoliților trecuți în diptice, așa cum este scris pe peretele Proscomidiarului din Catedrala Mitropolitană din Iași.